При установке WooCommerce создаёт собственные таблицы базы данных для хранения данных. Подробнее о структуре таблиц: https://github.com/woocommerce/woocommerce/wiki/Database-Description
Таблицы можно удалить только при удалении WooCommerce, а не при его деактивации. Это не происходит автоматически. Чтобы полностью удалить таблицы WooCommerce из базы данных, следуйте инструкции в разделе «Удаление WooCommerce».
Примечание: при задании префикса таблиц WordPress убедитесь, что он содержит менее 20 символов. В противном случае WooCommerce может некорректно создать таблицы. Это может привести к проблемам с загрузочными ссылками в письмах о завершённом заказе.